tools: подключить skill_save/skill_delete к ChatAgent (Hermes Phase 3 ready)

Тулзы были написаны ранее (SkillSaveTool/SkillDeleteTool, SkillToolsFactory),
но не были подключены к ChatAgent. Этот коммит закрывает пробел:

* ChatAgent: новый параметр skillStore: SkillStore? = null. Когда задан —
  в allTools добавляются SkillToolsFactory.create(skillStore) → агенту
  доступны skill_save и skill_delete (помимо read_skill который всегда
  есть при непустом каталоге).
* Main.kt: если config.skillsDir задан — создаём DiskSkillStore(File(dir))
  и скармливаем агенту. Каталог используется и для чтения (SkillCatalog),
  и для записи (DiskSkillStore.upsert/remove) — одни и те же файлы,
  никаких рассинхронов между read_skill и skill_save.
* SkillLoader.loadDirectory больше не нужен в Main — DiskSkillStore сам
  подгружает каталог в init. Удалён старый импорт.
* Тесты SkillToolsTest (5): SkillSaveTool persists file and surfaces in
  catalog; rejects blank name; SkillDeleteTool archives (rename to
  .archived); errors on missing skill; colon-named skills map to nested
  dirs (backend:spring:db-base → backend/spring/db-base/SKILL.md).
* README: раздел "Навыки" расширен описанием трёх тулов (read_skill /
  skill_save / skill_delete).

Smoke: standalone запускается с пустым AGENTIK_SKILLS_DIR, видит
"skills: 0 loaded from /tmp/skills-smoke" (DiskSkillStore создаёт каталог
при отсутствии). Агент при наличии skillStore имеет в своём распоряжении
все три тула для self-improvement'а.

Теперь Phase 3 (skill self-improvement) реально работает end-to-end:
агент может дёрнуть skill_save когда понимает что задача повторяется,
потом в следующих диалогах использовать новый скил через read_skill.

Tests: 160 standalone JVM (+5), 241 всего JVM, 73 native, all green.

standalone/README.md

@@ -318,6 +318,25 @@ AGENTIK_SOUL=/etc/agentik/SOUL.md
 AGENTIK_SKILLS_DIR=/etc/agentik/skills
 ```
 
+Когда `AGENTIK_SKILLS_DIR` задан, агенту доступны три тула для работы со
+скилами (Hermes-style self-improvement):
+
+- **`read_skill(name)`** — загружает полный markdown скила по имени из
+  каталога (нужно для деталей, т.к. в system prompt обычно только краткие
+  описания).
+- **`skill_save(name, description, body)`** — создаёт или обновляет скил.
+  Имя может содержать `:` (opencode-style: `backend:spring:db-base`
+  → `backend/spring/db-base/SKILL.md`).
+- **`skill_delete(name)`** — архивирует скил (переименовывает файл в
+  `.archived`, оставляя возможность восстановить).
+
+`skill_save`/`skill_delete` не требуют рестарта агента — изменения видны
+на ближайшем вызове `read_skill` (включая в этом же диалоге).
+
+```bash
+AGENTIK_SKILLS_DIR=/etc/agentik/skills
+```
+
 ## MCP-инструменты
 
 `AGENTIK_MCP_CONFIG` — путь к JSON-файлу со списком MCP-серверов