tools: подключить skill_save/skill_delete к ChatAgent (Hermes Phase 3 ready)

Тулзы были написаны ранее (SkillSaveTool/SkillDeleteTool, SkillToolsFactory),
но не были подключены к ChatAgent. Этот коммит закрывает пробел:

* ChatAgent: новый параметр skillStore: SkillStore? = null. Когда задан —
  в allTools добавляются SkillToolsFactory.create(skillStore) → агенту
  доступны skill_save и skill_delete (помимо read_skill который всегда
  есть при непустом каталоге).
* Main.kt: если config.skillsDir задан — создаём DiskSkillStore(File(dir))
  и скармливаем агенту. Каталог используется и для чтения (SkillCatalog),
  и для записи (DiskSkillStore.upsert/remove) — одни и те же файлы,
  никаких рассинхронов между read_skill и skill_save.
* SkillLoader.loadDirectory больше не нужен в Main — DiskSkillStore сам
  подгружает каталог в init. Удалён старый импорт.
* Тесты SkillToolsTest (5): SkillSaveTool persists file and surfaces in
  catalog; rejects blank name; SkillDeleteTool archives (rename to
  .archived); errors on missing skill; colon-named skills map to nested
  dirs (backend:spring:db-base → backend/spring/db-base/SKILL.md).
* README: раздел "Навыки" расширен описанием трёх тулов (read_skill /
  skill_save / skill_delete).

Smoke: standalone запускается с пустым AGENTIK_SKILLS_DIR, видит
"skills: 0 loaded from /tmp/skills-smoke" (DiskSkillStore создаёт каталог
при отсутствии). Агент при наличии skillStore имеет в своём распоряжении
все три тула для self-improvement'а.

Теперь Phase 3 (skill self-improvement) реально работает end-to-end:
агент может дёрнуть skill_save когда понимает что задача повторяется,
потом в следующих диалогах использовать новый скил через read_skill.

Tests: 160 standalone JVM (+5), 241 всего JVM, 73 native, all green.

standalone/src/jvmMain/kotlin/pw/binom/agentik/standalone/Main.kt

@@ -18,7 +18,6 @@ import pw.binom.agentik.memory.vector.embedding.HttpEmbeddingClient
 import pw.binom.agentik.memory.vector.embedding.SiglipEmbeddingProvider
 import pw.binom.agentik.server.agentikAgent
 import pw.binom.agentik.skills.SkillCatalog
-import pw.binom.agentik.skills.SkillLoader
 import pw.binom.agentik.standalone.agent.ChatAgent
 import pw.binom.agentik.standalone.agent.LiteLlmContextCompactor
 import pw.binom.agentik.standalone.agent.LlmReflector
@@ -58,11 +57,15 @@ fun main() {
     val llm = config.llm.createLlm()
     val stores = SqliteStores.open(dbPath = config.dbPath)
     val mcpRegistry = McpRegistry.fromConfig(config.mcp)
-    val skills = config.skillsDir?.let { dir ->
-        val result = SkillLoader.loadDirectory(File(dir))
-        result.errors.forEach { log.warn { "skill '${it.path}': ${it.message}" } }
-        result.catalog
-    } ?: SkillCatalog.EMPTY
+
+    // Хранилище скилов: если skillsDir задан, читаем каталог + создаём
+    // DiskSkillStore для self-improvement (`skill_save`/`skill_delete`).
+    // Один и тот же файл-каталог используется и для чтения (read_skill),
+    // и для записи — никаких рассинхронов.
+    val skillStore: pw.binom.agentik.skills.SkillStore? = config.skillsDir?.let { dir ->
+        pw.binom.agentik.skills.DiskSkillStore(File(dir))
+    }
+    val skills = skillStore?.catalog ?: SkillCatalog.EMPTY
 
     // SOUL.md — файл персоны. Если задан — читается как plain text/markdown,
     // вставляется в самое начало systemInstruction. Если отсутствует — exit-code != 0
@@ -172,6 +175,7 @@ fun main() {
         llmConfig = config.llm,
         tools = mcpRegistry.namedTools,
         skills = skills,
+        skillStore = skillStore,
         memoryStore = memorySystem?.store,
         memoryPrefetcher = memorySystem?.prefetcher,
         memoryReviewer = memoryReviewer,

standalone/src/jvmMain/kotlin/pw/binom/agentik/standalone/agent/ChatAgent.kt

@@ -50,6 +50,13 @@ class ChatAgent(
     private val llmConfig: LlmConfig,
     private val tools: List<NamedTool> = emptyList(),
     private val skills: SkillCatalog = SkillCatalog.EMPTY,
+    /**
+     * Хранилище скилов для self-improvement (запись/архивирование). Если
+     * задано — агенту становятся доступны тулы `skill_save` и `skill_delete`.
+     * Скилы на чтение (`read_skill`) работают по [skills] каталогу, который
+     * обычно собирается из того же [skillStore].
+     */
+    private val skillStore: pw.binom.agentik.skills.SkillStore? = null,
     private val memoryStore: pw.binom.agentik.memory.MemoryStore? = null,
     private val memoryPrefetcher: MemoryPrefetcher? = null,
     private val memoryReviewer: MemoryReviewer? = null,
@@ -101,13 +108,15 @@ class ChatAgent(
     )
 
     /**
-     * Тулы, которые видит модель: внешние ([tools], обычно MCP) + встроенные
-     * (`read_skill`, если есть скилы; `memory_*`, если подключена память).
+     * Тулы, которые видит модель: внешние ([tools], обычно MCP) + встроенные:
+     * `read_skill` (если есть скилы), `skill_save`/`skill_delete` (если есть
+     * [skillStore]), `memory_*` (если подключена память).
      * MCP-тулы префиксованы `server__`, так что коллизий нет.
      */
     private val allTools: List<NamedTool> = buildList {
         addAll(tools)
         if (!skills.isEmpty) add(NamedTool(SkillReadTool.NAME, SkillReadTool(skills)))
+        if (skillStore != null) addAll(SkillToolsFactory.create(skillStore))
         if (memoryStore != null) addAll(MemoryToolsFactory.create(memoryStore))
     }
 

standalone/src/jvmTest/kotlin/pw/binom/agentik/standalone/agent/SkillToolsTest.kt

@@ -0,0 +1,98 @@
+package pw.binom.agentik.standalone.agent
+
+import kotlin.test.Test
+import kotlin.test.assertEquals
+import kotlin.test.assertTrue
+import java.io.File
+import kotlin.uuid.Uuid
+import kotlinx.coroutines.runBlocking
+import pw.binom.agentik.skills.DiskSkillStore
+import pw.binom.agentik.skills.SkillCatalog
+import pw.binom.agentik.skills.SkillFile
+import pw.binom.agentik.skills.SkillStore
+
+class SkillToolsTest {
+
+    @Test
+    fun `SkillSaveTool persists and surfaces in catalog`() {
+        val dir = tempSkillDir()
+        val store: SkillStore = DiskSkillStore(dir)
+        val tool = SkillSaveTool(store)
+
+        val arguments = """{"name":"my-skill","description":"Test skill","body":"# Hello"}"""
+        val result = tool.invoke(arguments)
+        assertTrue(result.contains("\"ok\":true"), "expected success, got: $result")
+        assertTrue(result.contains("my-skill"))
+
+        runBlocking {
+            val reloaded = SkillCatalog(store.catalog.skills)
+            assertEquals(1, reloaded.skills.size)
+            val s = reloaded.skills.first()
+            assertEquals("my-skill", s.name)
+            assertEquals("Test skill", s.description)
+            assertEquals("# Hello", s.body)
+        }
+
+        // Должен появиться файл на диске
+        assertTrue(File(dir, "my-skill/SKILL.md").exists())
+    }
+
+    @Test
+    fun `SkillSaveTool rejects blank name`() {
+        val dir = tempSkillDir()
+        val store = DiskSkillStore(dir)
+        val tool = SkillSaveTool(store)
+        val arguments = """{"name":"","description":"x","body":"y"}"""
+        // Ожидаем ошибку
+        try {
+            tool.invoke(arguments)
+            error("should have thrown")
+        } catch (e: IllegalStateException) {
+            assertTrue(e.message!!.contains("skill name", ignoreCase = true))
+        }
+    }
+
+    @Test
+    fun `SkillDeleteTool archives the skill`() {
+        val dir = tempSkillDir()
+        val store = DiskSkillStore(dir)
+        store.upsert(SkillFile(name = "to-delete", description = "x", body = "y"))
+
+        val tool = SkillDeleteTool(store)
+        val result = tool.invoke("""{"name":"to-delete"}""")
+        assertTrue(result.contains("\"ok\":true"))
+        assertTrue(result.contains("to-delete"))
+
+        // Скил исчез из каталога
+        assertTrue(store.catalog.skills.none { it.name == "to-delete" })
+        // Файл переименован в .archived
+        assertTrue(File(dir, "to-delete/SKILL.md.archived").exists())
+    }
+
+    @Test
+    fun `SkillDeleteTool returns error for missing skill`() {
+        val dir = tempSkillDir()
+        val store = DiskSkillStore(dir)
+        val tool = SkillDeleteTool(store)
+        try {
+            tool.invoke("""{"name":"does-not-exist"}""")
+            error("should have thrown")
+        } catch (e: IllegalStateException) {
+            assertTrue(e.message!!.contains("not found", ignoreCase = true))
+        }
+    }
+
+    @Test
+    fun `colon-named skills map to nested directories`() {
+        val dir = tempSkillDir()
+        val store = DiskSkillStore(dir)
+        store.upsert(SkillFile(name = "backend:spring:db-base", description = "x", body = "y"))
+        assertTrue(File(dir, "backend/spring/db-base/SKILL.md").exists())
+    }
+
+    private fun tempSkillDir(): File {
+        val dir = File(System.getProperty("java.io.tmpdir"), "agentik-skills-${Uuid.random()}")
+        dir.deleteOnExit()
+        return dir
+    }
+}