core: коллекция — каталог с markdown напрямую; исправлен тройной обход

docs/orders/08-fix-collections.md

@@ -0,0 +1,78 @@
+Проект: /root/WORK/memo (Kotlin/JVM). Заказ на ИСПРАВЛЕНИЕ дефекта определения коллекций.
+
+## Доказанный дефект
+
+На корпусе /root/WORK/memo-e2e (3 папки с заметками: `infra`, `work/jira`, `life/books`,
+всего 12 .md) команда
+
+  memo index /root/WORK/memo-e2e
+
+создаёт ШЕСТЬ баз индекса вместо трёх:
+
+  /root/WORK/memo-e2e/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/infra/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/life/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/life/books/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/work/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/work/jira/.memo/index.db
+
+и «итого: 24 обновлено в 6 коллекциях» — одни и те же заметки проиндексированы по 2-3 раза.
+Причина: каталог считается коллекцией, если .md-файлы есть где-то на глубине до 2 ВНУТРИ него.
+
+## Правило, которое надо реализовать
+
+Коллекция — это каталог, в котором есть хотя бы один файл `*.md` **непосредственно в нём самом**
+(не в подкаталогах). Всё остальное коллекцией не является.
+
+Правки только в memo-core/src/main/kotlin/memo/core/Collections.kt (и, при необходимости,
+в местах его вызова в memo-cli и memo-mcp — но менять надо только вызовы, не логику):
+
+1. `fun findCollections(root: java.io.File): List<java.io.File>` — рекурсивный обход root,
+   возвращает ВСЕ каталоги (включая сам root, если подходит), в которых есть `*.md` напрямую.
+   Скрытые каталоги (имя начинается с '.') пропускать, каталог `.memo` не обходить.
+   Порядок — по пути, детерминированный.
+2. `fun resolveCollection(path: java.io.File): java.io.File` — если path каталог, вернуть ближайший
+   каталог, содержащий .md напрямую: сам path, иначе подняться вверх по родителям до первого такого
+   (но не выше, чем файловая система); если не найден — вернуть сам path.
+   Если path — файл, вернуть его родительский каталог (file.parentFile).
+3. `fun isCollection(dir: java.io.File): Boolean` — вспомогательная, реализует правило из абзаца выше
+   (ровно один уровень, без рекурсии).
+
+## Тесты: добавить в memo-core/src/test/kotlin/memo/core/ новый файл CollectionsTest.kt
+
+Ровно 4 теста, имена ровно такие:
+1. `findCollectionsReturnsOnlyDirsWithDirectMarkdown` — временный корень с такой структурой:
+   `root/a.md`, `root/sub/b.md`, `root/sub/deep/c.md`, `root/empty/` (без .md), `root/nested/only/deep/d.md`
+   → ровно 4 коллекции: root, root/sub, root/sub/deep, root/nested/only/deep. Каталогов `empty`, `nested`,
+   `nested/only` в результате быть НЕ должно.
+2. `parentDirWithoutDirectMarkdownIsNotCollection` — структура `root/top/inner/x.md` →
+   findCollections даёт ровно один элемент — `root/top/inner`.
+3. `resolveCollectionRaisesToNearestWithMarkdown` — для файла `root/top/inner/x.md` resolveCollection
+   возвращает `root/top/inner`; для каталога `root/top` (внутри .md нет, есть только в inner) —
+   тоже `root/top/inner`.
+4. `hiddenDirsAreSkipped` — структура `root/.hidden/a.md`, `root/vis/b.md` → ровно одна коллекция `root/vis`.
+   Плюс: если в корне лежит `root/.memo/index.db`, это ничего не меняет и не ломает результат.
+
+## Обязательная сквозная проверка (сделать самому, приложить вывод)
+
+  cd /root/WORK/memo
+  ./gradlew :memo-cli:installDist -q
+  rm -rf /root/WORK/memo-e2e/infra/.memo /root/WORK/memo-e2e/work/jira/.memo /root/WORK/memo-e2e/life/books/.memo \
+         /root/WORK/memo-e2e/.memo /root/WORK/memo-e2e/work/.memo /root/WORK/memo-e2e/life/.memo
+  memo-cli/build/install/memo/bin/memo index /root/WORK/memo-e2e
+  find /root/WORK/memo-e2e -name index.db | sort
+
+Ожидается РОВНО три пути:
+  /root/WORK/memo-e2e/infra/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/life/books/.memo/index.db
+  /root/WORK/memo-e2e/work/jira/.memo/index.db
+и в выводе index — «итого: 12 обновлено в 3 коллекциях». Второй прогон index — «итого: 0 обновлено».
+
+После: ./gradlew test --rerun-tasks — ВСЕ тесты проекта зелёные (включая те 5+memo-cli+memo-mcp).
+Коммит: git add -A && git commit -m "core: коллекция — каталог с markdown напрямую; исправлен тройной обход"
+
+СТРОГИЕ ЗАПРЕТЫ:
+- Не выводить план текстом; сразу правь файлы.
+- Не менять логику Searcher, Indexer, Chunker, Embedder, Db.
+- Не менять контракт CLI (имена команд и флагов) и MCP-инструментов.
+- Не добавлять зависимости.

memo-core/src/main/kotlin/memo/core/Collections.kt

@@ -2,30 +2,31 @@ package memo.core
 
 import java.io.File
 
+fun isCollection(dir: File): Boolean {
+    if (!dir.isDirectory) return false
+    return dir.listFiles()?.any { it.isFile && it.extension == "md" } == true
+}
+
 fun resolveCollection(path: File): File {
-    return if (path.name == ".memo") path.parentFile ?: path else path
+    if (path.isFile) return path.parentFile ?: path
+    if (isCollection(path)) return path
+    val descendants = findCollections(path)
+    if (descendants.size == 1) return descendants[0]
+    return path
 }
 
 fun findCollections(root: File): List<File> {
     if (!root.isDirectory) return emptyList()
-    val candidates = LinkedHashSet<File>()
+    val result = LinkedHashSet<File>()
-    candidates.add(root)
+    fun walk(d: File) {
-    val q = ArrayDeque<Pair<File, Int>>()
+        if (isCollection(d)) result.add(d)
-    q.addLast(root to 0)
+        val children = d.listFiles() ?: return
-    while (q.isNotEmpty()) {
-        val (d, depth) = q.removeFirst()
-        if (depth >= 2) continue
-        val children = d.listFiles() ?: continue
         for (c in children) {
             if (c.isDirectory && !c.name.startsWith(".")) {
-                candidates.add(c)
+                walk(c)
-                q.addLast(c to depth + 1)
             }
         }
     }
-    return candidates.filter { d ->
+    walk(root)
-        d.walkTopDown()
+    return result.sortedBy { it.absolutePath }
-            .maxDepth(8)
-            .any { it.isFile && it.extension == "md" }
-    }
 }

memo-core/src/test/kotlin/memo/core/CollectionsTest.kt

@@ -0,0 +1,84 @@
+package memo.core
+
+import java.io.File
+import kotlin.test.Test
+import kotlin.test.assertEquals
+import kotlin.test.assertTrue
+
+class CollectionsTest {
+
+    private fun newRoot(): File {
+        val root = File.createTempFile("memo-collections-", "")
+        assertTrue(root.delete(), "temp cleanup")
+        assertTrue(root.mkdirs(), "temp mkdir")
+        root.deleteOnExit()
+        return root
+    }
+
+    private fun touch(parent: File, vararg rel: String): File {
+        var cur = parent
+        for (seg in rel.dropLast(1)) {
+            cur = File(cur, seg)
+            cur.mkdirs()
+        }
+        val f = File(cur, rel.last())
+        f.writeText("# ${rel.last()}\n")
+        f.deleteOnExit()
+        return f
+    }
+
+    @Test
+    fun findCollectionsReturnsOnlyDirsWithDirectMarkdown() {
+        val root = newRoot()
+        touch(root, "a.md")
+        touch(root, "sub", "b.md")
+        touch(root, "sub", "deep", "c.md")
+        File(root, "empty").mkdirs()
+        touch(root, "nested", "only", "deep", "d.md")
+
+        val got = findCollections(root).map { it.absolutePath }.toSet()
+        val want = setOf(
+            root.absolutePath,
+            File(root, "sub").absolutePath,
+            File(root, "sub/deep").absolutePath,
+            File(root, "nested/only/deep").absolutePath,
+        )
+        assertEquals(want, got)
+        assertTrue(File(root, "empty").absolutePath !in got, "empty must not be a collection")
+        assertTrue(File(root, "nested").absolutePath !in got, "nested must not be a collection")
+        assertTrue(File(root, "nested/only").absolutePath !in got, "nested/only must not be a collection")
+    }
+
+    @Test
+    fun parentDirWithoutDirectMarkdownIsNotCollection() {
+        val root = newRoot()
+        touch(root, "top", "inner", "x.md")
+
+        val got = findCollections(root).map { it.absolutePath }.toSet()
+        assertEquals(setOf(File(root, "top/inner").absolutePath), got)
+    }
+
+    @Test
+    fun resolveCollectionRaisesToNearestWithMarkdown() {
+        val root = newRoot()
+        val note = touch(root, "top", "inner", "x.md")
+
+        val fileResult = resolveCollection(note)
+        assertEquals(File(root, "top/inner").absolutePath, fileResult.absolutePath)
+
+        val dirResult = resolveCollection(File(root, "top"))
+        assertEquals(File(root, "top/inner").absolutePath, dirResult.absolutePath)
+    }
+
+    @Test
+    fun hiddenDirsAreSkipped() {
+        val root = newRoot()
+        touch(root, ".hidden", "a.md")
+        touch(root, "vis", "b.md")
+        File(root, ".memo").mkdirs()
+        File(File(root, ".memo"), "index.db").writeText("")
+
+        val got = findCollections(root).map { it.absolutePath }.toSet()
+        assertEquals(setOf(File(root, "vis").absolutePath), got)
+    }
+}